Puoi usare:
sed -e '/^;/d' php.ini
Non è necessario reindirizzare un file attraverso grep, grep accetta i nomi dei file come argomenti della riga di comando.
grep -v '^#' file1 file2 file3
stamperà tutte le righe TRANNE quelle che iniziano con un carattere #. puoi cambiare il carattere di commento come preferisci.
Se hai più di un carattere di commento (supponendo che sia all'inizio di una riga)
egrep -v '^(;