Un paio di motivi:
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Lo schema basato su BCrypt non è approvato dal NIST.
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Le funzioni hash sono progettate per questo tipo di utilizzo, mentre Blowfish no.
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La sicurezza aggiunta è che BCrypt si basa sul fatto che è computazionalmente costoso, piuttosto che sul tipo di algoritmo. Affidarsi a operazioni computazionalmente costose non va bene per la sicurezza a lungo termine.
Vedi http://en.wikipedia.org/wiki/Crypt_%28Unix%29 per alcune discussioni su questo.
OpenSUSE 11.4 (almeno) utilizza Bcrypt per impostazione predefinita.