È passato molto tempo dalla domanda iniziale, ma ho riscontrato lo stesso problema e ho trovato una soluzione.
Ho scritto un'applicazione il cui obiettivo è permettere a chiunque di creare file lnk da qualsiasi sistema operativo. Ho iniziato a scriverla in bash e poi l'ho convertita in C (i sorgenti sono disponibili).
È ancora fresco, quindi tranne me nessuno l'ha ancora testato, ma puoi dare un'occhiata qui:
http://www.mamachine.org/mslink/index.en.html