Sia exFAT che NTFS sono file system proprietari di Microsoft. exFAT, chiamato anche FAT64, è un filesystem molto semplice, praticamente un'estensione di FAT32, per la sua semplicità è ben implementato in Linux e molto veloce.
Ma a causa della sua semplice struttura, è facilmente influenzato dalla frammentazione, quindi le prestazioni possono facilmente diminuire con l'uso.
exFAT non supporta il journaling, quindi necessita di un controllo completo in caso di arresto non corretto.
NTFS è più lento di exFAT, specialmente su Linux, ma è più resistente alla frammentazione. A causa della sua natura proprietaria non è ben implementato su Linux come su Windows, ma dalla mia esperienza funziona abbastanza bene. In caso di corruzione, NTFS può essere facilmente riparato sotto Windows (anche per Linux c'è ntfsfix ) e ci sono molti strumenti in grado di recuperare i file persi.
Personalmente, preferisco NTFS per la sua affidabilità. Un'altra opzione è usare ext4 e montare sotto Windows con extfsd, ext4 è migliore su Linux, ma il driver non è ben implementato su Windows. Extfsd non supporta completamente il journaling, quindi c'è il rischio di scrivere sotto Windows, ma ext è più facile da riparare sotto Linux rispetto a exFAT.
Ti suggerisco di provare UDF. UDF è un file system aperto e indipendente dal fornitore originariamente progettato per l'uso su dischi ottici, ma può essere utilizzato in lettura/scrittura anche su altre unità, comprese le unità USB. UDF supporta una dimensione massima del file system di 2 TB (con una dimensione del blocco di 512 byte), supporta nomi di file Unicode lunghi e registra i tempi dei file.
Apparentemente Windows richiede che il disco sia partizionato e il file system dovrebbe essere creato con il tipo di supporto hd e una dimensione del blocco di 512:
mkudffs --media-type=hd --blocksize=512 /dev/sdxN