Per dirla semplicemente:
- Tra FAT e FAT32, scegli semplicemente FAT32.
- Tra NTFS e FAT32, se usi l'unità solo in Windows, usa NTFS. In ogni altro caso, usa FAT32.
Perché NTFS per Windows?
-
NTFS (New Technology File System) è stato introdotto da Windows ed è stato supportato sin dalle prime versioni di Windows. Quindi è diventata una specie di cosa per Windows.
-
È il file system nativo per Windows NT, Windows 2000 e Windows XP.
- Consente l'indicizzazione che migliora la ricerca dei file (soprattutto più veloce); provoca un leggero calo delle prestazioni (può essere disattivato).
- Ha una migliore sicurezza, come la crittografia a livello di file (non supportata da Windows XP Home edition) e le regole di accesso per utente (puoi impedire a tua moglie di vedere la cartella porno!)
- Supporta le quote utente (impedisce ai tyke di scaricare troppi file MP3)
- Ha una compressione a livello di file.
- È registrato su journal, riducendo la perdita di dati (ScanDisk all'avvio non è necessario).
- Utilizza nomi di file Unicode (consente caratteri stranieri ed estesi) e supporta nativamente nomi di file lunghi.
- Supporta file più grandi di FAT (superiori a 4 GB).
- Consente volumi di dimensioni maggiori (superiori a 1 TB). Si parla di un limite teorico di 16 exabyte e fino a 2 terabyte.
- Formato supportato su dischi dinamici (nessun disco dinamico su Windows XP Home).
- Funziona bene con cache di grandi dimensioni (sistemi superiori a 96 MB).
- Prestazioni migliori su volumi ~20 GB e oltre.
- È più efficiente in termini di spazio su grandi volumi (superiori a 8 GB).
- Resistente alla frammentazione.
Perché FAT32 per Linux?
- FAT32 funziona bene quasi ovunque. [FAT32 non è nemmeno il filesystem predefinito su Linux (al contrario di NTFS e Windows)]
Windows formatta le unità USB come NTFS per impostazione predefinita, FAT è davvero obsoleto e il tipo di file system che desideri utilizzare dipende dalle tue esigenze.
NTFS
- Supporta file di dimensioni superiori a 4 GB
- Può eseguire Windows 8 live
- UNetbootin non supporta NTFS e si rifiuta di utilizzare unità con formattazione NTFS.
FAT32
- I file devono essere inferiori a 4 GB
- Linux Live funziona
Tieni presente che puoi avere diverse partizioni nel tuo dispositivo USB e quindi puoi avere una partizione NTFS e una FAT32.
Consiglio di utilizzare UDF, che presenta all'incirca gli stessi vantaggi di NTFS menzionato nella risposta di @ Hele. Il motivo principale per utilizzare UDF invece di NTFS è la compatibilità con OS X. OS X può solo leggere ma non scrivere su partizioni NTFS. UDF è ben supportato, lettura-scrittura, su Windows¹, OS X e Linux.
Per formattare un'unità come UDF, vedere:
- Utilizzando UDF su un'unità flash USB
- Come formattare un'unità flash come UDF in Windows 7?
¹ Tranne Windows XP, che supporta UDF di sola lettura