Installazione di RLink su Linux

Ho R installato separatamente e posso fare :

InstallR["RHomeLocation" -> "/usr/lib64/R"]

Sono in grado di eseguire gli esempi forniti nella documentazione. Uso Fedora 17 64 bit.

Ho avuto questo problema anche su Ubuntu 12.04, ma questa soluzione non mi ha aiutato. Penso di aver risolto comunque. Sospetto che molti dei miei passaggi non siano stati necessari (o inutilmente contorti) ma ecco qui:

Innanzitutto, rendi eseguibili lo script di avvio R e il binario installati da Mathematica. Non so se Mathematica li esegua davvero, ma mi ha permesso di testarli.

 cd ~/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R/bin
 chmod +x R
 cd exec
 chmod +x R
 cd ..
 gedit R

o qualsiasi altro editor di testo. Lo script di avvio conteneva molti riferimenti a "/Developer/leonids/" codificati nei percorsi. Ho sostituito le seguenti righe:

04 R_HOME_DIR=/home/{my username}/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R
35 R_SHARE_DIR="${R_HOME_DIR}/share"
37 R_INCLUDE_DIR="${R_HOME_DIR}/include"
39 R_DOC_DIR="${R_HOME_DIR}/doc"

Dopo questo, R continuava a non funzionare dalla riga di comando; si lamentava di non avere libg2c.so.0. Non è disponibile in nessuna distribuzione Ubuntu attualmente mantenuta, ma ho rintracciato un RPM:compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm.Quindi,

sudo alien compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm
sudo dpkg -i compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.deb

R ha continuato a lamentarsi della mancanza di libg2c.so.0. Si scopre che era nel posto sbagliato, perché Fedora a 64 bit e Ubuntu tengono le loro librerie in posti diversi.

sudo cp /usr/lib64/libg2c.* /usr/lib/

Ecco! R ora funziona dalla riga di comando e funziona anche RLink.

Per inciso, sembra che libg2c sia sostanzialmente deprecato ora, quindi idealmente dovrebbe essere rimosso come dipendenza a favore di un runtime FORTRAN più moderno, ad es. gfortran.

Quello che sospetto stia accadendo è che il tuo sapore di Linux manchi di alcune librerie che consideravamo standard o abbia versioni di quelle librerie che sono in conflitto con alcune di quelle che forniamo con la distribuzione R interna. Sfortunatamente, non è facile diagnosticare esattamente quali librerie sono problematiche, ma cercherò di dare seguito a questo.

La situazione con Linux è attualmente la seguente:abbiamo fatto del nostro meglio per testare su varie distribuzioni Linux, ma il modo in cui funziona la distribuzione R predefinita di RLink è tale che su alcune distribuzioni Linux potrebbero esserci conflitti di versione della libreria, poiché abbiamo dovuto aumentare la distribuzione R con librerie dipendenti aggiuntive.

Abbiamo testato su CentOS 5 e anche su Ubuntu. Ho appena testato di nuovo e RLink funziona per me su Ubuntu 10.04 a 32 bit in esecuzione sulla scatola virtuale (VMWare). E quasi certamente non è Java, poiché RLink utilizza la JVM fornita con Mathematica. Quello che faremo per Linux è raccogliere vari problemi del genere e cercare di risolverli nel miglior modo possibile. Tuttavia, alcuni problemi sono inerenti al fatto che Linux abbia molte versioni diverse con librerie di base leggermente diverse.