Ho anche notato questo bug, anche se i pulsanti/menu a discesa continuano a funzionare, per me solo gli slider non rispondono dopo la sospensione (Ubuntu 12.10/Mathematica 9.0.0.0 x86 64 bit).
Una possibile soluzione è quindi quella di modificare tutti i controlli dei parametri in pulsanti/menu a discesa fornendo un elenco finito di valori che il parametro può assumere:
Manipulate[Plot[a x, {x, -3, 3}, PlotRange -> {-1, 1}], {a, Range[-2,2,.5]}
Speriamo che qualcuno alla Wolfram noti questo thread! Hai già inviato una segnalazione di bug?