Ho appena scritto una guida per far funzionare il copia e incolla tra OS X e Ubuntu su VirtualBox perché mi aveva frustrato. Forse di aiuto a qualcuno che incontra questa domanda:
http://blog.nostopbutton.com/2013/08/24/setup-copy-and-paste-between-os-x-and-linux-virtualbox/
Ho appena avuto lo stesso problema. Dopo esserti assicurato che la condivisione degli appunti sia attiva, Ctrl+Maiusc+V per incollare nel terminale in debian.
A volte, è solo più semplice aprire un terminale sul Mac e poi SSH al guest VirtualBox. Ciò evita gran parte del fastidio di cambiare focus, ecc.