La soluzione è cambiare il mirror nel file sources.list. Per qualche motivo il mirror predefinito non funziona.
Esistono diversi mirror del server del repository Kali Linux, tutti sparsi in tutto il mondo. Ogni volta che interagisci con il repository, per impostazione predefinita utilizzerà automaticamente il mirror più vicino a te in base alla tua posizione geoip (l'idea è, questo ti darà la migliore velocità grazie alla minore latenza).
Tuttavia, puoi forzare manualmente kali a utilizzare uno specchio specifico/diverso anziché quello più vicino a te.
Vai su http://http.kali.org/README.mirrorlist dove avrai un elenco di mirror tra cui scegliere.
Per prima cosa fai il backup del tuo file sorgente corrente
mv /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
Quindi crea un nuovo file sources.list
vim /etc/apt/sources.list
e inserisci il nuovo mirror.
Ad esempio,
il vecchio file sources.list era
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Il nuovo file sources.list può essere
deb http://archive-2.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free
Qui devi giocare un po' per trovare lo specchio che fa per te.
Poi nel terminale digita:
sudo apt clean
sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt dist-upgrade