Se il sistema sta usando systemd allora modifica /etc/default/bind9 non avrà alcun effetto.
Modifica /lib/systemd/system/bind9.service file invece e aggiungi -4 opzione a ExecStart variabile. Sto usando Ubuntu 16 e ho dovuto farlo.
ExecStart=/usr/sbin/named -f -4 -u bind
Ricontrolla anche dopo aver riavviato il named è in esecuzione con -4 opzione.
In realtà c'è un bug pieno su questa confusione di configurazione https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/bind9/+bug/1565060