Se la tua distribuzione ha l'attuale TeXLive 2012 (come Debian testing, per esempio) puoi fare un'installazione completa con i pacchetti ufficiali, così come rimuovere tutto il texlive packages ed eseguire una nuova installazione in /usr/local seguendo una delle opzioni spiegate nel sito web TeX Users Group poiché questo consente e installa/aggiorna i pacchetti TeX tramite il proprio gestore di pacchetti e configurazione (tlmgr ) invece di apt-get o il gestore di pacchetti della tua distribuzione (rpm , eccetera).
Se la tua distribuzione ha ancora una versione obsoleta come probabilmente TeXLive 2009 in Ubuntu, senza tlmgr , è meglio la seconda opzione, poiché ci sono cambiamenti e miglioramenti significativi. (alcuni esempi interessanti che puoi trovare in questo sito non possono essere compilati con quella versione).
Mescolare i file con quelli di un'installazione MiKTeX ha tutte le possibilità di essere fonte di problemi. Come detto in questa risposta, installa i pacchetti extra localmente (~/texmf ), sempre secondo il file readme, e quando hai controllato in CTAN (ad esempio) che il pacchetto non è in TeXLive e quindi non puoi installarlo con il gestore pacchetti di Linux (come apt-get ) o TeXLive (tlmgr ).
Per dirla in breve:Non farlo!
TeXLive e MiKTeX sono diverse distribuzioni TeX con un proprio gestore di pacchetti diverso. Quindi installa entrambe le distribuzioni con il loro programma di installazione. Ad esempio TeXLive utilizza perla che MikTeX non può utilizzare allo stesso modo ...
Se vuoi usare pacchetti speciali su entrambe le distribuzioni puoi creare un albero texmf locale, installare i pacchetti (seguendo i file readme) nel tuo albero texmf locale e usare questo albero texmf locale in entrambe le distribuzioni.