Con GNU sed, sostituendo tutti gli spazi in eol con underscore:
sed ':x;s/ \( *\)$/_\1/;tx'
Più efficiente da usare perl:
perl -lpe 's/(\s+)$/"_" x length($1)/e' input.txt
che deve eseguire solo una sostituzione per riga con spazi bianchi finali, invece di eseguire cicli.
Con GNU awk per il 3° argomento match() e gensub():
$ awk 'match($0,/(.*[^ ])(.*)/,a){$0=a[1] gensub(/ /,"_","g",a[2])} 1' file
foo bar_____
foo bar oof
line 3a___
line fo a_
Con qualsiasi awk:
$ awk 'match($0,/ +$/){tail=substr($0,RSTART,RLENGTH); gsub(/ /,"_",tail); $0=substr($0,1,RSTART-1) tail} 1' file
foo bar_____
foo bar oof
line 3a___
line fo a_
Per sostituire anche gli spazi vuoti iniziali modificando la soluzione gawk sopra:
$ awk 'match($0,/^( *)(.*[^ ])(.*)/,a){$0=gensub(/ /,"_","g",a[1]) a[2] gensub(/ /,"_","g",a[3])} 1' file
foo bar_____
_foo bar oof
__line 3a___
__line fo a_