che ne dici di questo
jar -uf YOURJAR.jar FILE
se il jar ha una struttura a cartelle, puoi tenere anche quella
jar -uf YOURJAR.jar DIR/DIR/FILE
Guarda questo per maggiori informazioni http://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/jar/update.html
zip -u stuff.jar file.txt
aggiornerà file.txt in stuff.zip . Nota che per -u
file.txt deve già esistere nel file zip e verrà sovrascritto solo se è più recente di quello nel jar.