Dipende dal filesystem e dal controllo effettivo. Per esempio. di solito non è una buona idea interrompere un reiserfsck --rebuild-tree ma non può succedere nulla quando si interrompe un fsck di sola lettura di un filesystem ext3.
Il controllo del filesystem all'avvio è di solito di sola lettura fino a quando non trova un problema, quindi ti chiederà prima di apportare modifiche, quindi è probabilmente sicuro da interrompere.
Ma È del tutto possibile (e non insolito per i server che devono riattivarsi dopo uno spegnimento) che venga impostato su correzione automatica, quindi a meno che tu non lo sappia per certo che il tuo sistema non sia configurato in questo modo lascialo funzionare fino al completamento per sicurezza.
La maggior parte dei programmi fsck sono scritti in modo tale che qualsiasi modifica apportata sia il più atomica possibile e puliranno (completando o ripristinando qualsiasi modifica corrente) prima di rispondere a un segnale TERM o INT (SIGINT è ciò che viene inviato al processo attivo quando ctrl +c è premuto) quindi anche un fsck che scrive attivamente dovrebbe essere sicuro da interrompere, ma non consiglierei di correre il rischio - meglio prevenire che curare!