Linux si basa su una serie di funzionalità del filesystem che semplicemente non sono supportate da FAT o NTFS:proprietà e autorizzazioni in stile Unix, collegamenti simbolici, ecc. Pertanto, Linux non può essere installato né su FAT né su NTFS. (Prima era possibile farlo usando un driver FAT che aggiungesse quelle funzionalità, ma è stato rimosso dal kernel anni fa perché nessuno lo stava mantenendo.)
Se hai bisogno di un'unità flash USB che avvii Linux e sia accessibile da Windows, allora seguo la raccomandazione di Zonder di creare una partizione dati FAT o NTFS sull'unità, insieme alle partizioni Linux. Tieni presente che dovrai inserire prima la partizione FAT o NTFS sul disco, poiché Windows tratta le unità flash USB come "superfloppy" e accederà solo alla prima partizione sul disco. Linux non è limitato in questo modo, quindi puoi inserire le partizioni Linux dopo la partizione dei dati condivisi. Si noti inoltre che non è possibile utilizzare FAT o NTFS come Linux /home partizione; se segui questa strada, dovrai montare la partizione dei dati condivisi da qualche altra parte in Linux.
Che ne dici di creare 2 partizioni una per le dimensioni minime del sistema operativo Linux e poi lasciare il resto come fat32. In questo modo Linux ottiene ciò che vuole e puoi ancora utilizzare lo spazio rimanente.
Non sono sicuro di come si comporterà mac os con questo, ma Windows dovrebbe ignorare tutte le partizioni su un'unità rimovibile tranne la prima leggibile da Windows.
C'è un programma chiamato bootice che può aiutarti a farlo. Ma una rapida ricerca su Internet troverà molti articoli sul partizionamento di un'unità USB.