C'è un thread molto informativo nel forum i3-faq che contiene vari script/programmi che affrontano proprio questo problema.
https://faq.i3wm.org/question/150/how-to-launch-a-terminal-from-here/
Ho scelto il programma c xcwd che fa davvero un ottimo lavoro. Funziona anche dall'interno dei programmi GUI.
quando avvii un terminale dall'interno di un terminale esistente, l'ambiente del terminale originale verrà preservato, inclusa la directory di lavoro corrente e qualsiasi altra variabile di ambiente che hai impostato. Ecco perché urxvt & funziona