Penso che questo potrebbe ottenere ciò che desideri.
Files->Preferences->Search&Preview:
Search -> Search in subfolders: -> Never
Sembra che questa impostazione causerebbe la ricerca solo nella cartella corrente.
Oppure puoi modificare questa impostazione nella CLI:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences recursive-search 'never'
A proposito, la mia versione di Debian è estesa.
Insomma, non puoi! Non attualmente con Debian comunque, la chiave dconf è stata rimossa.
È stato contrassegnato come bug negli ultimi due anni, quindi non sembra che qualcosa cambierà in fretta.
L'opzione migliore è passare a nemo, ramificato da gnome2 Nautilus, ancora mantenuto ma senza le folli nuove "funzionalità" che hanno aggiunto a Nautilus stesso.