Come root, esegui dd if=/dev/zero of=/dev/sdX bs=512 count=1
Quindi puoi aggiungere una tabella delle partizioni (fdisk /dev/sdX e premi o , oppure potresti usare uno degli strumenti grafici come gparted) e una nuova partizione NTFS.
Da Fedora installa GParted dal gestore pacchetti Fedora. Smonta l'unità USB avviabile. Apri GParted e trova l'unità USB dall'elenco dei menu delle unità (vedi il cursore del mouse sullo screenshot qui sotto).
Dal menu GParted scegli:Partizione -> Gestisci segnalazioni . Da Gestisci contrassegni su... deseleziona boot (vedi screenshot sotto).
Dal menu GParted seleziona Partizione -> Formatta in -> NTFS.
Puoi farlo con un semplice strumento di sistema come diskpart di Windows.
1)Apri il menu Start e digita "diskpart" nella casella Esegui.
2) Digitare "elenco disco". 
3)"select disk #" dove # è il numero del disco della tua chiavetta USB.
4)ora inserisci il comando "pulisci tutto"
Il comando "clean" azzera i settori del disco che contengono i dati della partizione. Il comando "pulisci tutto" azzera tutti i dati sulla chiavetta USB .
Ora puoi formattarlo dal menu contestuale come al solito.
(visto che hai citato NTFS , spero che tu abbia accesso a un sistema Windows)
Per riempire a zero l'unità da Linux puoi utilizzare dd. Per cancellare un disco scrivendo zeri:
dd if=/dev/zero of=/dev/sda bs=4k conv=notrunc
dove /dev/sda con il tuo dispositivo.