Finalmente deciso per questa opzione:
Opzione software solo pooling:http://romanrm.ru/en/mhddfs
Ti consente di avere due dischi con filesystem separati (e completi) e di farli apparire come un unico albero dalla LAN. Le directory con lo stesso nome verranno unite quando elencate. Inizi con un'unità e quando è piena, creerà il file sull'altra unità (se ha spazio libero). Se scolleghi un'unità, smette di mostrare il suo contenuto.
Altre opzioni dove:
Alternative a LVM e JBOD (controlla "OS/software"):
http://blog.superuser.com/2011/09/14/building-a-nas-server-2/
EDIT:altra opzione software:http://snapraid.sourceforge.net/
I volumi JBOD e LVM falliscono completamente in caso di guasto del disco:
http://forum.elitebastards.com/viewtopic.php?f=6&t=16838
https://serverfault.com/questions/338517/what-happens-when-a-disk-fails-in-lvm
EDIT2:
Come suggerito da @lelouch, mergerfs suona come un'opzione meglio mantenuta e aggiornata per mhddfs. A difesa di mhddfs, l'ho usato senza problemi di rilievo negli ultimi 4 anni (a parte una o due volte in cui ha lasciato cadere il punto di montaggio senza motivo, ma dopo il riavvio tutto era di nuovo a posto).
Se non è richiesta la minima quantità di affidabilità, RAID0 o JBOD fanno il lavoro.
Si consiglia di non sceglierne uno se l'affidabilità è un problema. Come hai già scoperto, un'unità guasta sarebbe sufficiente per uccidere l'intero array , raddoppiando la possibilità di guasti hardware rispetto a una singola unità.
Invece, dovresti esaminare RAID1 o RAID5 e acquistare uno o due HDD aggiuntivi. Attenzione però, RAID5 diventa più soggetto a errori con dischi rigidi grandi come quelli che stai utilizzando.