Puoi usare ext2 . Supporto per ext2 esiste in FreeBSD da un po' e probabilmente può essere considerato stabile. Ovviamente è nativo in GNU/Linux come sai.
Puoi anche usare ext3 ma senza journal e attributi estesi (usa le opzioni di mount in Linux /etc/fstab ), che aumenterebbe alcuni limiti.
Questo è probabilmente molto meglio che usare un fs che non è nativo su nessuno dei due sistemi, come NTFS e simili.
Fonte:https://www.freebsd.org/doc/handbook/filesystems-linux.html