Prova a usare tail per copiare continuamente il file:
tail -c +0 -f /proc/$pid/fd/$fd > filename
Ovviamente, dovrai interrompere manualmente il processo tail (o qualche altro mezzo esterno) al termine del download.
Il progetto fdlink, costituito da un modulo del kernel Linux e da una semplice applicazione, pretende di creare un nuovo collegamento a un descrittore di file aperto. Non l'ho provato.