Un modo per farlo è utilizzare xdotool, ad esempio dalla riga di comando:
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Cerca le finestre aperte che contengono il nome "Vecchio nome" e cambia il suo nome in "Nuovo nome". Puoi anche cercare per classe Window, PID e una varietà di altre cose. Vedi la pagina man di xdotool.
Probabilmente ci sono altri modi per impostare lo stesso automaticamente all'avvio del programma, a seconda del programma e se utilizza Qt, GTK o altro.
Se la finestra in questione è un xterm, puoi usare una sequenza di escape magica:
echo "^[]0;New name^G"
dove ^[ è il carattere di escape e ^G è control-G.
Se la finestra è il terminale di Gnome, puoi utilizzare la voce di menu "Terminale|Imposta titolo".
Un altro modo per scriverlo è
echo "\033]0;New name\007"