puoi usare la geometria di x per impostarlo.
a seconda della tua versione x può variare.
la pagina man e dovrebbe spiegare le opzioni di geometria
xterm 80x24+nxn o simile.
In gnome-terminal (ubuntu) la specifica della geometria è leggermente diversa:
gnome-terminal --geometry=114x32+0+0
Come sempre le pagine man sono tue amiche:
man gnome-terminal
Il titolo della domanda riguarda solo il Terminale, tuttavia, sembra che il corpo sia più generico su "i programmi iniziano in alto a sinistra [... dello] schermo".
Quindi, da GNOME v3.30 c'è un'opzione visibile in GNOME Tweaks, che rende facile abilitarlo per tutte le finestre:
"Center New Windows" evidenziato">
Basta selezionare "Centra nuove finestre" in "Windows".