"Voglio emettere l'intero file in un formato unificato. C'è un modo in cui diff può farlo?"
Sì.
diff -U 9999999 file1.txt file2.txt > diff.txt
Questo dovrebbe funzionare, a condizione che i tuoi file siano lunghi meno di 10 milioni di righe.
Un'opzione che potrebbe fare al caso tuo,
sdiff :differenze affiancate di file.
sdiff -o merged.file left.file right.file
Una volta lì, ti chiederà quali righe vuoi conservare da quale file. Premi ? e poi enter per un piccolo aiuto. Anche man sdiff con le merci dettagliate.
(Nella mia distribuzione, questi sono inclusi nel pacchetto "diffutils" [fedora,centos])
Se hai bisogno di automatizzare il processo, potresti provare l'utilità merge , che segnerà i conflitti nei file. Tuttavia, questo potrebbe riportarti al punto di partenza.