Non sono sicuro di cosa sia disponibile per R (ho sentito parlare di REnv), ma per Python ho deciso un approccio pragmatico secondo cui ogni utente è responsabile del proprio ambiente Python con pyenv (lo stesso vale per Perl con perlbrew e Ruby con RVM ). In questo modo, gli utenti possono creare il proprio ambiente ottimale per ogni progetto senza la mia assistenza (pyenv gestisce le installazioni di Python e quindi puoi usare pip per installare i moduli locali a quella specifica installazione di Python).
I pacchetti di sistema vengono utilizzati solo per esigenze di sistema.