Soluzione 1:
Reprepro non è in grado di contenere due versioni di un pacchetto nella stessa distribuzione.
Vedere la risposta alla domanda 3.1 qui:https://web.archive.org/web/20120103201823/http://anonscm.debian.org/gitweb/?p=mirrorer/reprepro.git;a=blob_plain;f=docs/ FAQ;hb=INTESTAZIONE
Soluzione 2:
Quando crei il tuo dpkg, dovresti incrementare la versione del pacchetto come qui.
Il numero di revisione Debian (il -xxx alla fine dei pacchetti) è quello che dovresti incrementare.