Soluzione 1:
Lo script deve avere 2 righe:
# chkconfig: <levels> <start> <stop>
# description: <some description>
ad esempio:
# chkconfig: 345 99 01
# description: some startup script
345 - levels to configure
99 - startup order
01 - stop order
Dopo aver aggiunto le intestazioni precedenti, puoi eseguire chkconfig --add <service> .
Soluzione 2:
Mentre katriel ha già risposto a questa domanda con il minimo indispensabile per creare uno script init, penso che saresti anche ben servito guardando /etc/init.d/skeleton e usandolo come modello su cui basare il tuo script init. Ti ritroverai con uno script molto più consistente e leggibile.