Volevo solo pubblicare la soluzione a questo problema, nel caso in cui qualcun altro si trovi di fronte a una sfida simile.
L'aggiunta del seguente file di regole ha funzionato:
/etc/udev/rules.d/90-hide-partitions.rules
KERNEL=="sda2",ENV{UDISKS_PRESENTATION_HIDE}="1"
KERNEL=="sda3",ENV{UDISKS_PRESENTATION_HIDE}="1"
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