Ci sono molte più proprietà su rsync rispetto a quelle menzionate nella risposta precedente. Dovresti esaminarli tu stesso:
man rsync
Ma per il tuo problema suggerirei:
rsync -a --delete X Y
In questo modo, il ricevitore (Y) eliminerà qualsiasi file in suo possesso che non sia in X. Assicurati però di farlo bene. Usato in modo errato come root può facilmente uccidere il tuo sistema... :)
Dai un'occhiata a rsync(1). Ha lo scopo di fare praticamente esattamente quello che vuoi.
rsync -av X Y
Supporta la copia remota, tramite il proprio protocollo o ssh, ma può essere utilizzato anche localmente.
A seconda dell'esatto comportamento che desideri, potresti anche voler passare il --update opzione. Questo dirà a rsync di non sovrascrivere i file che già esistono sulla destinazione e che sono più recenti di quelli nell'origine.
Se vuoi rimuovere file extra (cioè file che esistono in Y, ma non in X) puoi aggiungere il --delete opzione.