Ho risolto il problema eliminando il mio ~/.tmux.conf e usando tmux kill-server
A seconda della tua situazione, "kill-server" potrebbe essere eccessivo.
Per me, le chiavi non funzionanti vengono riparate semplicemente staccando il client che ha smesso di funzionare e riattaccandolo; in un terminale diverso:
tmux detach-client -s mysession
tmux attach-session -t mysession