Per convertire da Shift JIS a UTF-8 su Linux basta fare:
iconv -f SHIFT-JIS -t UTF-8 <infile> > <outfile>
e per andare dall'altra parte basta invertire gli argomenti:
iconv -f UTF-8 -t SHIFT-JIS <infile> > <outfile>
Non conosco OSX ma potrebbe avere il iconv
anche il comando, nel qual caso dovrebbe funzionare qualcosa di simile.