Almeno per i documenti creati direttamente in Inkscape, File> Esporta bitmap... funziona come previsto. Se il documento ha uno sfondo trasparente, il PNG esportato diventa trasparente. Se era bianco, PNG diventa bianco.
Si prega di controllare File> Proprietà documento> Pagina> Sfondo e controllare il canale aplpha (A). Nella scheda RGB imposta tutti i valori su 255, incluso A.
Controllato utilizzando Inkscape 0.47 su Ubuntu Linux 10.04.
Se il tuo problema si verifica solo con la conversione di file SVG creati altrove (non in Inkscape), allora devi pubblicare quel file, così possiamo provarlo.