Basta specificare il percorso dello script. Non c'è bisogno di cd :
0 12 * * * /path/to/script args
Se il tuo script cerca i file in . , allora lo farai devi usare cd :
0 12 * * * cd /some/dir && /path/to/script args
La tua domanda ha poco senso. Usa cd . Se chiedi la risposta non usare cd poiché l'hai provato e non ha funzionato, è probabile che tu non l'abbia inserito correttamente nel crontab.
Il modo più semplice sarebbe scrivere un piccolo script di shell che eseguirà il cd ed eseguirà l'attività principale, quindi eseguirà il cron dello script.