gscan2pdf può farlo. È un ottimo software. Può ripulire le scansioni con unpaper e attivare l'OCR.
Xsane supporta anche questo, nell'interfaccia principale di Xsane seleziona Multipage (o Ctrl+M) invece di Viewer che è l'impostazione predefinita. Apre una nuova finestra di dialogo intitolata "xsane multipage project". Specifica la posizione in cui desideri salvare le immagini, fai clic su "Crea progetto". Torna all'interfaccia principale di Xsane e scansiona come faresti normalmente, alla fine di ogni scansione aggiunge qualcosa come image-000x alla finestra di dialogo "progetto". Quando hai finito con i tuoi documenti, fai semplicemente clic su "Salva file multipagina".
Anche gscan2pdf è un buon software, tuttavia preferisco scansionare i batch in Xsane (sembra più chiaro) e importare le immagini con gscan2pdf che aiuta a creare PDF più piccoli.