Per le persone che verranno qui in futuro il problema era che stavo usando MongoDB 4.0 sul locale e il server era su 4.2:
A partire dalla versione 4.2, mongodump utilizza il formato Extended JSON v2.0 (Canonical) per i file di metadati. Per analizzare questi file per il ripristino, utilizzare mongorestore versione 4.2+ che supporta il formato JSON esteso v2.0 (modalità canonica o rilassata). program/mongodump][1]
fonte:https://dba.stackexchange.com/questions/250312/failed-to-restored-indexes-using-mongorestore-mongodb