Aggiungi:
changeps1: False
al tuo file .condarc.
http://conda.pydata.org/docs/config.html#change-command-prompt-changeps1
Ho avuto un problema leggermente diverso, ma correlato:come evitare l'attivazione di base env per impostazione predefinita per ogni finestra di terminale. Soluzione:
conda config --set auto_activate_base False
Nota:funziona solo se hai eseguito prima conda init.
Eseguilo sul terminale:
$ conda config --set changeps1 False
http://conda.pydata.org/docs/config.html#change-command-prompt-changeps1