Prova a farlo nel modo più diretto :
cp -a src target
da man cp
-a, --archive
same as -dR --preserve=all
Preserva i diritti, i collegamenti simbolici...
Qui ho provato tutto il codice nel mio Linux. Sembra che Rsync sia stato proposto da @seanmcl come quello giusto mentre altri non sono riusciti a mantenere i proprietari e/o alcuni file speciali o un risultato negato . Il codice esatto è:
$ sudo rsync -aczvAXHS --progress /var/www/html /var/www/backup
Ricorda solo di usare solo il nome della directory e non inserire una barra (/ ) o un carattere jolly (/* ) alla fine di source e bersaglio name altrimenti i file nascosti proprio sotto la fonte non vengono copiati.