Come posso rendere permanentemente un file di sola lettura su Linux in modo che anche root non possa modificarlo?

C'è un bit "immutabile" per i file.

I programmi (anche in esecuzione come root) non saranno in grado di manomettere il file. Naturalmente, root può annullare l'operazione, ma la maggior parte dei programmi (soprattutto quelli non dannosi) non la supereranno.

Impostalo con

sudo chattr +i file

dovresti avere i permessi di root

sudo chattr +i file