Per prima cosa nella cartella clone puoi creare un ramo (così il master rimane intatto)
git branch [branch_name]
Dopo, copia i file desiderati dalla tua vecchia cartella nella cartella clone.
Quando hai finito, aggiungi/commetti la tua modifica e unisci il tuo ramo nel ramo "master". Sembrerà qualcosa del genere:
git add .
git commit -m "Comments"
git checkout master
git merge [new_branch]
Prova questo tutorial da GitHub.
Per aggiungere alcuni file o cartelle al tuo repository, devono trovarsi nella cartella che hai creato con git clone . Quindi copia/incolla la tua applicazione nella cartella git locale e poi entraci e fai git add * e poi sarai in grado di eseguire il commit sul server con git commit -m 'message' e infine inviare le modifiche al server con git push
Dovrai spostare tutti i file da /var/www/myapp a /home/mylogin/gitclone e poi fare un git add . e poi git commit -m "Your message" .
Quando ho aggiornato a git versione 2.12.2 è apparso quell'errore, ho notato che aggiungo il file con un percorso completo come:
git add c:\develop\project\file.text
quando viene rimosso il percorso completo inizia a funzionare, come:
git add file.text