Se si tratta di una directory di grandi dimensioni, potresti prendere in considerazione l'esecuzione con più processori:
find . -type f -print0 | xargs -0 -n 1 -P 4 dos2unix
Questo passerà 1 file alla volta e utilizzerà 4 processori.
find . -type f -print0 | xargs -0 dos2unix
Troverà ricorsivamente tutti i file all'interno della directory corrente e chiamerà per questi file il comando dos2unix