Puoi usare fs.lstat e poi chiama statis.isSymbolicLink() sul fs.Stats oggetto che è passato nella tua richiamata lstat.
fs.lstat('myfilename', function(err, stats) {
    console.log(stats.isSymbolicLink());
});
 Sembra che tu possa usare isSymbolicLink()
const files = fs.readdirSync(dir, {encoding: 'utf8', withFileTypes: true});
files.forEach((file) => {
  if (file.isSymbolicLink()) {
    console.log('found symlink!');
  }
}