supponendo che il tuo buon file di configurazione sia /etc/my.cnf (che potrebbe non esserlo), modifica il tuo file mysql init e aggiungi --init-file /etc/my.cnf al comando mysqld per assicurarti che stia effettivamente leggendo dal file init da cui pensi stia leggendo.
Errore nel file Sudoers? Ecco come puoi risolverlo.