https://superuser.com/questions/347560/is-there-a-tool-to-measure-file-difference-percentage ha una soluzione chiara per questo,
wdiff -s file1.txt file2.txt
altre opzioni vedi man wdiff.
Forse qualcosa del genere?
Due file, A1 e A2.
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc ti darebbe quante linee differivano. wc dà il totale, basta dividere.
I -b e -B devono ignorare gli spazi e le righe vuote, e -s dice di sopprimere le righe comuni.