Il plugin linediff per Vim funziona bene per me. Seleziona visivamente una sezione del tuo file e digita :Linediff . Seleziona visivamente l'altra sezione e digita :Linediff . Metterà vim in modalità vimdiff, mostrando solo le due sezioni che hai evidenziato in precedenza. Digita :LinediffReset per uscire dalla modalità vimdiff.
Ulteriori informazioni:
https://unix.stackexchange.com/a/52759/32477
https://superuser.com/a/414958/199800
Uso Beyond Compare.
Ti consente di selezionare una linea su ciascun lato e dire "Allinea manualmente". Questo dovrebbe funzionare bene per te.
KDiff3 è open source e disponibile su diverse piattaforme tra cui Win32 e Linux.
Ha la funzione di "allineamento manuale" discussa da Gishu su Beyond Compare (che tra l'altro non ho usato personalmente ma è considerata un ottimo strumento da molte persone che conosco).
Vedi questa risposta per altri esempi.