Hai l'errore proprio lì nel tuo output:
Feb 8 09:37:24 aname kernel: [1984823.682079] type=1400 audit(1454924244.439:45): apparmor="DENIED" operation="open" profile="/usr/sbin/named" name="/var/log/bind9/query.log" pid=27279 comm="named" requested_mask="c" denied_mask="c" fsuid=109 ouid=0
Aggiungi un
/var/log/bind9/query.log rw,
Stanza a /etc/apparmor.d/usr.sbin.named , riavvia apparmor e bind services, e sei a posto.
E ripristina le autorizzazioni del file system nel file di registro.