Soluzione 1:
Usa uno script bash come cron job
cron.sh
#!/bin/bash
$lockfile=/tmp/lock.file
if [ ! -e $lockfile ]; then
   touch $lockfile
   php /path/to/php/script.php
   rm $lockfile
else
   echo "script already running"
fi
 Soluzione 2:
 Si prega di consultare Gestione dei processi. Probabilmente vorrai utilizzare un file di blocco. Puoi usare flock per esempio.
Perché non puoi lasciare che i tuoi lavori vengano completati?
Le tue domande dicono "o non ho capito la risposta o non si applicava a me", ma non dici in che modo. Sii più specifico.