Soluzione 1:
Potresti avere difficoltà a passare dalla mentalità di Windows a quella di Linux. Potresti prendere in considerazione i motori di gestione della configurazione, come bcfg2 e pupazzo.
Inoltre, consiglierei di dedicare del tempo alla lettura di www.infrastructures.org, una brillante descrizione delle tecniche di amministrazione di Linux su larga scala. Sono certo che alcune idee potrebbero applicarsi alla tua situazione.
Soluzione 2:
Non esiste un prodotto come Criteri di gruppo per tutte le distribuzioni (ad esempio Fedora o Ubuntu). Quello che c'è, sono soluzioni esclusive (simili a Microsoft WSUS) per ogni distro:come Landscape per Ubuntu o RHN per RedHat ma queste soluzioni sono a pagamento e sono focalizzate su aggiornamenti, monitoraggio, patch dei server.
Puoi applicare restrizioni o limiti a Ubuntu (credo fedora o altre distro che usano anche Gnome) con soluzioni come Sabayon per definire i profili del desktop. Ma AFAIK, queste soluzioni non sono centralizzate.