Soluzione 1:
Quei messaggi non sono nulla di cui preoccuparsi. I collegamenti simbolici di cui ci si lamenta sono necessari solo se si utilizza lilo come bootloader, perché usa quei collegamenti simbolici per trovare il tuo kernel "corrente". Grub, essendo più flessibile, ha il suo modo di fare le cose e non ha bisogno dei collegamenti simbolici.
Soluzione 2:
Non dovrebbe essere necessario eseguire nuovamente grub. Lo faresti, ma dopo una modifica del kernel potresti dover eseguire /usr/sbin/update-grub .
Questi messaggi probabilmente non indicano un problema. Il vero test sarebbe semplicemente riavviare il computer. Se si avvia correttamente, non è successo niente di male.
Potresti voler aggiornare il tuo /etc/kernel-img.conf e disabilita i do_symlinks opzione e non dovresti visualizzare più questo messaggio.