C'è QtADB che usa adb.
Puoi anche installare un server SSH o ftp sul telefono e quindi utilizzare Nautilus con ssh://ip-o-nome-del-tuo-telefono/ o ftp://ip-o-nome-del-tuo-telefono/ URL (puoi creare segnalibri in Nautilus). La cosa interessante di un server SSH o ftp standard sul tuo telefono è che non devi installare nulla di speciale sul computer.
Uso QuickSSHd sul telefono, ma ci sono anche altri server SSH disponibili (cerca nel mercato, per favore).
I server ftp che conosco sono SwiFTP e FTPServer. Non li ho ancora testati con Nautilus, ma dovrebbero funzionare.
Se installi Eclipse con Android SDK, esiste una prospettiva chiamata DDMS che include un file explorer. Puoi facilmente copiare file da/verso il dispositivo con questo strumento, che utilizza adb push/pull in background.
Un altro modo è semplicemente smontare la scheda SD dal telefono e utilizzarla come memoria di massa. Ma in questa modalità puoi accedere solo alla scheda SD e la modalità di debug deve essere disabilitata, il che può essere fastidioso se hai bisogno che il dispositivo rimanga in modalità di debug per lo sviluppo.