Hai ragione:latex filename.tex e l'altro comando sopra sono mezzi per eseguire una versione di TeX dalla riga di comando.
Non richiedono davvero parametri, ma potresti anche dare un'occhiata alla configurazione di un software GUI come Texmaker, o digitare nella riga di comando latex --help per mostrare l'elenco completo delle opzioni disponibili. Ad esempio, l'opzione -interaction=nonstopmode fa in modo che latex non si fermi ad ogni errore...
Questi programmi vengono eseguiti in un colpo solo:non entreranno in azione. Per questo, in Linux, potresti scrivere un Makefile che organizzerà i passaggi di compilazione richiesti, come mostrato qui o qui.
Per il manuale, potresti provare man latex , ma non credo che sia una buona risposta o domanda. I comandi precedenti eseguono Latex/Pdflatex/... nello stesso modo in cui lo farà un editor GUI.